2006年のフォーミュラ・ニッポンは、2006年4月1日 - 2日に富士スピードウェイで開幕し、同年11月18日 - 19日に鈴鹿サーキットで閉幕した全9戦のシリーズである。
前年度からの変更点
エンジン
全日本F3000選手権より使用されてきた無限MF308エンジンの供給が困難になってきたため、インディ・レーシング・リーグ（IRL）用エンジンを元にトヨタとホンダがそれぞれ開発した新型エンジン（TOYOTA RV8J及びHONDA HF386E：3,000cc V型8気筒という基本形式は同様）に切り替わり、東名エンジンと尾川自動車の各チューナーにより性能調整され供給された。
シャシー
3年に一度のシャシー更新年にあたり、前年までの「ローラB351」から、同シャーシを空力面を中心に改良した「ローラB06/51（FN06）」に変更され、主催者である日本レースプロモーション（JPR）から各チームにリースのかたちで供給された。
エントリーリスト
※全チームともシャシーはFN06、タイヤはブリヂストン
スケジュール及び勝者
シリーズポイントランキング
ドライバー部門
- ポイントシステム
太字 - ポールポジション 斜字 - ファステストラップ（色の意味はこちらを参照→key）
チーム部門
※各戦で同一チームのマシンが得た合計点
脚注
